Taiju, un lycéen comme les autres, raconte à son meilleur ami Senku, un génie des sciences, qu’il est sur le point de révéler ses sentiments à Yuzuriha, une fille dont il est secrètement amoureux depuis quelques années. Alors que le jeune homme s’apprête à lui déclarer sa flamme, une lumière brillante apparaît dans le ciel et transforme toute l’humanité en statues de pierres. Lorsque Taiju réussit finalement à se libérer, il se retrouve face à un monde complètement différent où la nature a repris ses droits. Mais il n’est pas le seul à s’être réveillé. Son ami Senku, qui l’a précédé dans son éveil, lui annonce que 3 700 ans se sont écoulés depuis le mystérieux événement. Ensemble ils devront allier les compétences scientifiques exceptionnelles de l’un et les aptitudes physiques de l’autre pour sauver les 7 milliards d’êtres humains encore pétrifiés et découvrir l’origine de cette catastrophe.
L’œuvre est emplie d’explications de procédés scientifiques afin d’arriver à la réinvention et à la construction d’objets ou de technologies perdus, tels que la création du savon, de la poudre à canon ou encore des antibiotiques. L’œuvre ne cesse d’essayer d’expliquer les processus chimiques et physiques afin de recréer des inventions passées, toujours de plus en plus complexes au fur et à mesure de l’avancement de l’œuvre.
