C’est la guerre froide entre l’est et l’ouest, une paix précaire a été établie entre Ostania (東国オスタニア, Osutania?) et Westalis (西国ウェスタリス, Wesutarisu?).
Mais cette paix étant fragile, « Twilight », un brillant espion envoyé de Westalis à Ostania, est chargé de mener à bien l’opération Strix (梟ストリクス, Sutorikusu?) consistant à se rapprocher et enquêter sur la cible qu’est le politicien extrémiste d’Ostania, Donovan Desmond ; pour ce faire, il doit changer une nouvelle fois son identité en créant une famille et en adoptant un enfant afin de l’inscrire à la prestigieuse école Eden que le fils de Desmond fréquente. Twilight se fait alors passer pour un psychiatre sous le nom de Loid Forger et rencontre une fille, Anya, qui peut lire les pensées des autres dans un orphelinat qu’il visite en étant à la recherche d’un enfant à adopter. En faisant usage de sa capacité, Anya prétend être intelligente, Twilight décide alors de l’adopter, pensant qu’elle peut passer le test d’entrée d’Eden. Toutefois, Twilight peine à la faire étudier, mais elle réussit à passer l’épreuve écrite de justesse. Cependant, comme elle lui a été demandé d’amener ses « deux parents » lors de son prochain entretien, Twilight s’est précipité pour trouver une femme afin d’endosser le rôle d’épouse.
Ils rencontrent alors une femme nommée Yor Briar, une « discrète » fonctionnaire de mairie dont l’apparence est le sujet de railleries car elle n’est toujours pas mariée. Sauf qu’elle est en réalité une tueuse professionnelle secrète sous le nom de code de « Princesse Ibara » et cherche ainsi un homme assez délicat pour préserver sa couverture. Anya apprend avec son pouvoir que Yor est une tueuse à gage et par curiosité la pousse à devenir sa mère. De ce fait, les intérêts de chacun coïncident, Yor qui cherche une couverture, Twilight qui cherche une complice, et Anya qui cherche à s’amuser ; les trois commencent alors à vivre comme une famille improvisée, cachant chacun leur véritable identité aux yeux des autres.
